Tsjekkeren rykket fra i spurten i Hammerfest og vant to sekunder foran lagkamerat van der Poel.
Odd Kristian Eiking og Markus Hoelgaard var også med i spurten, men måtte ta til takke med henholdsvis femte- og sjetteplass.
Før avslutningsetappen søndag innehar Hoelgaard annenplassen i sammendraget. Rogalendingen har sju sekunder opp til russiske Sergej Tsjernetski, som endte på tredjeplass på lørdagens etappe og forsvarte ledertrøya.
– Det er jo muligheter. Det er jo bare sekunder, men i dag viser han (Tsjernetski) at han er hakket sterkere. Det blir vanskelig, men man må jo prøve, sa Hoelgaard til TV 2 etter målgang.
Lørdagens etappe var 194 kilometer lang og gikk fra Honningsvåg til Hammerfest. Rittet avsluttes søndag med en 145,5 kilometer lang etappe fra Kvalsund til Alta.
(©NTB)